পিলখানা হত্যাকাণ্ড বাংলাদেশের ইতিহাসে এক মর্মান্তিক ও দুঃখজনক ঘটনা। এই ঘটনা ২০০৯ সালের ২৫ ফেব্রুয়ারি ঢাকার পিলখানা সদর দপ্তরে সংঘটিত হয়, যেখানে বাংলাদেশের সীমান্ত রক্ষী বাহিনী, যেটি তখন বিডিআর (বাংলাদেশ রাইফেলস) নামে পরিচিত ছিল, সেখানে বিদ্রোহ শুরু করে।
বিদ্রোহের মূল কারণ হিসেবে সীমান্ত রক্ষীদের বিভিন্ন দীর্ঘমেয়াদী অসন্তোষকে দায়ী করা হয়। বিডিআর সদস্যরা তাদের বেতন, সুবিধা এবং পদোন্নতির ক্ষেত্রে সেনাবাহিনীর তুলনায় বঞ্চিত বলে মনে করত। এই অসন্তোষের ফলস্বরূপ, বিডিআর সদস্যরা ঢাকার পিলখানায় অবস্থিত সদর দপ্তরে বিদ্রোহ করে।
বিদ্রোহের সময় বিডিআরের বিদ্রোহীরা উচ্চপদস্থ কর্মকর্তাদের লক্ষ্যবস্তু করে এবং নির্মমভাবে হত্যা করে। দুই দিনব্যাপী এই বিদ্রোহে ৫৭ জন সামরিক কর্মকর্তা, যারা বিডিআর-এ কর্মরত ছিলেন, তাদের নির্মমভাবে হত্যা করা হয়। এই হত্যাকাণ্ডের মধ্যে বিডিআর মহাপরিচালক মেজর জেনারেল শাকিল আহমেদও ছিলেন। হত্যাকাণ্ডের পর বিদ্রোহীরা তাদের মৃতদেহ মাটিতে পুঁতে রাখে এবং ঢাকার বিভিন্ন স্থানে লুকিয়ে রাখে।